Buku “Bayang-Bayang Intervensi” menempatkan Presiden Sukarno sebagai pusat konflik antara Presiden John F. Kennedy dan Allen Dulles. Dulles yang pernah menjabat sebagai Direktur CIA pada era Presiden Eisenhower dan berambisi menguasai tambang emas, perak dan tembaga di tanah Papua, diangkat kembali sebagai Direktur CIA oleh Presiden Kennedy. Inilah titik awal kesalahan Kennedy. Dulles dan Kennedy sama-sama berupaya mengembalikan West New Guinea dari tangan Belanda ke Indonesia, namun keduanya memiliki kepentingan yang berbeda. Kennedy melakukannya untuk pemerintah AS, sedang Dulles hanya untuk kepentingannya sendiri.
CIA di bawah kepemimpinan Dulles turut berperan dalam menciptakan pemberontakan PRRI dan Permesta, dan memunculkan TNI AD di tingkat pusat sebagai pahlawan penumpas pemberontakan. Hal ini dilakukan guna menguatkan peran TNI AD di bawah komando panglima di Jakarta. Ia pun selalu menciptakan peristiwa-peristiwa politik untuk menyibukkan Presiden Sukarno, sehingga tidak mampu lagi mengonsolidasikan kekuasaannya dan mengurus ekonomi negeri dengan baik. Upayanya untuk menyingkirkan Sukarno ini, ia lakukan tak lain demi menguasai Gunung Emas di Papua yang akhirnya menjadi milik Indonesia.