Sektor Gelap mendorong pemain untuk berperan sebagai Hayden Tenno, agen operasi hitam elit yang dikirim dalam misi pembunuhan yang berbahaya ke Lasria, sebuah kota di Eropa Timur di ambang kerusakan yang rahasia Perang Dingin yang mematikan. Diserang oleh musuh yang tidak dikenal, ia terbangun dan mendapati bagian tubuh yang diubah oleh infeksi yang meningkatkan kemampuan yang tidak manusiawi. Sekarang, Hayden harus belajar berkembang bersama kekuatannya, bertahan hidup dan menjadi pahlawan.