Sebagai sebuah game platformer yang menyenangkan, plot memang tidak pernah menjadi bagian besar dan daya tarik sebuah seri LEGO. Hal yang sama tampaknya juga terjadi di LEGO Marvel Super Heroes. Dengan begitu luasnya semesta Marvel yang sebenarnya bisa dieksploitasi, TT Games lebih memilih untuk menghadirkan jalinan plot yang terhitung klise untuk sebuah game superhero, bahkan cenderung mengikuti sepak terjang versi filmnya. Perjuangan untuk menyelamatkan dunia akhirnya dimulai.Sebagai kaki tangan Galactus, salah satu entitas terkuat di semesta Marvel, Silver Surfer memang seringkali mengemban tugas berbahaya yang menarik banyak pihak yang lain. Tugasnya untuk membawa Cosmic Brick ke bumi memancing keserakahan Dr. Doom untuk menyerang dan mencuri kubus penuh kekuatan tersebut. Lewat energi yang dihasilkan oleh item yang satu ini, Doom berusaha menciptakan sebuah senjata berbahaya bernama “Doom Ray of Doom” dan menguasai dunia. Sebuah ambisis yang tentu saja tidak akan mudah untuk direalisasikan sendiri, apalagi ketika rencana ini berhasil diendus oleh Nick Fury – direktur dari S.H.I.E.L.D sendiri.